都道府県の区域ごとにすべての市町村が加入する「後期高齢者医療広域連合」が、事務を行うことと定められ、三重県においては「三重県後期高齢者医療広域連合」が事務を行います。広域連合においては、財政運営、被保険者の資格認定・管理、被保険者証の交付、保険料の賦課、医療給付等の事務を行います。

また市町村においては、被保険者のご不便を避けるために窓口事務（各種届出・申請等）や保険料の徴収事務を行います。